وافق كانوتي على الانتقال إلى نادي وست هام يونايتد الإنجليزي في صيف 2000 وخلال وجوده هناك على مدى 3 مواسم شارك في 84 مباراة مسجلا 29 هدف لصالح النادي اللندني .

سرعته وقدرته الهائلة على تسجيل الأهداف لفتت انتباه نادي توتنهام هوتسبر الإنجليزي الذي تعاقد معه في صيف 2003 وبوجوده على ملعب وايت هارت لين استمتع بتحقيق النجاح حيث سجل هدف في أول مباراة رسمية . لكن ساءت العلاقات بعدما فضل المشاركة مع منتخب بلاده مالي في بطولة كأس الأمم الأفريقية لكرة القدم 2004 التي أقيمت في تونس ولم يشترك في جولة النادي الودية في موريشيوس في صيف 2005 .

تم بيع كانوتي لصالح نادي أشبيلية مقابل 6.5 مليون يورو في 17 أغسطس 2005 . ساهم كانوتي بشكل فعال في تأهل نادي أشبيلية إلى المباراة النهائية لبطولة كأس الاتحاد الأوروبي حيث واجه نادي مدلزبره واستطاع أن يسجل الهدف الرابع ليختتم به أهداف المباراة بنتيجة 4-0 ليتوج ناديه بأول لقب أوروبي في تاريخه .
في موسم 2006-2007 استطاع أن يبرهن على قدراته العالية حيث قاد نادي أشبيلية للفوز ببطولة كأس إسبانيا على حساب نادي خيتافي حيث سجل هدف المباراة الوحيد على الرغم من طرده قبل نهاية المباراة بدقيقتين . وساهم في محافظة نادي أشبيلية على لقب بطولة كأس الاتحاد الأوروبي للموسم الثاني على التوالي بالفوز في المباراة النهائية على نادي إسبانيول 3-1 بركلات الجزاء الترجيحية بعد انتهاء الوقتين الأصلي والإضافي بالتعادل 2-2 حيث سجل الهدف الثاني لصالح نادي أشبيلية . وفي بطولة دوري الدرجة الممتازة سجل 21 هدف ساهم بها في احتلال نادي أشبيلية المركز الثالث وبالتالي التأهل للمشاركة في بطولة دوري أبطال أوروبا .
في أكتوبر 2007 تعرض كانوتي برفقة مامادي سيديبي للاعتداء من مشجعي منتخب توغو أثناء مباراة المنتخبين أثناء تصفيات كأس الأمم الأفريقية بسبب خروج منتخب توغو وعدم تأهله إلى نهائيات البطولة .
بعدما سجل هدف في مرمى نادي ديبورتيفو لاكورونيا ضمن بطولة كأس إسبانيا في 7 يناير 2009 رفع قميصه وكشف عن كلمة مكتوبة على القميص الداخلي (فلسطين) . وذكرت هيئة الإذاعة البريطانية بأن كانوتي كان يرغب في لفت انتباه الرأي العام العالمي للاعتداء الإسرائيلي على قطاع غزة . نتيجة لذلك قام حكم الساحة باشهار البطاقة الصفراء له وقررت اللجنة المنظمة للبطولة تغريمه 4 آلاف دولار أمريكي .

أدائه مع النادي			الدوري		الكأس		كأس الدوري		على المستوى الدولي		المجموع
موسم	النادي	الدوري	الظهور	الأهداف	الظهور	الأهداف	الظهور	الأهداف	الظهور	الأهداف	الظهور	الأهداف
فرنسا			الدوري		كأس فرنسا		كأس الدوري		أبطال أوروبا		المجموع
1997-98	ليون	الدوري الفرنسي	18	6	1	0	0	0	11	2	30	7
1998–99			9	2	0	0	0	0	2	1	11	3
1999-00			13	1	0	0	2	0	2	0	17	1
إنجلترا			الدوري		كأس الاتحاد		كأس الدوري		أبطال أوروبا		المجموع
1999-00	وست هام يونايتد	الدوري الإنجليزي	8	2	0	0	0	0	0	0	8	2
2000–01			32	11	4	3	3	0	0	0	39	14
2001-02			27	11	1	1	0	0	0	0	28	12
2002-03			17	5	0	0	0	0	0	0	17	5
2003-04	توتنهام هوتسبر	الدوري الإنجليزي	27	7	1	3	3	2	0	0	31	12
2004-05			32	7	5	0	4	2	0	0	41	9
2005-06			1	0	0	0	0	0	0	0	1	0
إسبانيا			الدوري		كأس إسبانيا		كأس الدوري		أبطال أوروبا		المجموع
2005-06	إشبيلية	الدوري الإسباني	32	6	2	2	-		11	6	45	14
2006-07			32	21	5	4	-		11	5	48	30
2007-08			30	16	2	4	-		10	6	42	26
2008-09			34	18	6	2	-		2	2	42	22
المجموع	فرنسا		40	9	1	0	2	0	15	3	58	12
	إنجلترا		144	43	11	7	10	4	0	0	165	54
	إسبانيا		128	61	15	12	-		34	19	177	92
مجموع مسيرته			312	113	27	19	12	4	49	22	400	158